国家新药筛选中心在国内率先应用了多种高通量筛选新技术和新方法，目前，中心拥有包括Biomek^®FX和Hydra96自动化移液装置、Microβ液闪计数仪、FlexStation II³⁸⁴钙流检测仪、EnVision^™多通道读板仪、ArrayScan^™和KineticScan^™细胞成像设备等一批在国内领先的实验设施和数据处理系统，用于高通量和高内涵药物筛选。为了满足药物研发企业的创新需求，中心开放共享了一批先进的实验设备和仪器，可为企业提供细胞成像、紫外、可见光全波长和荧光全波长测定、荧光偏振和荧光素酶冷光检测等技术。