为了保护、整合、研究和发掘我国药用资源和满足高通量药物筛选业务的需求，国家新药筛选中心设立样品制备部和样品信息部，负责建设国家化合物样品库。这两个部门的主要任务包括：系统地采集各类药用植物，应用标准化的提取和分离方法制备提取物样品，建立药用植物标本、采集地点、时间及民间药用经验等信息数据库；通过合作，系统地开展微生物发酵提取物制备及相关信息数据库的建立工作；在国内外收集、选购人工合成和天然纯化合物，并建立相应的样品数据库；基于高通量和高内涵药物筛选之结果，探索从活性提取部位发现“苗头”化合物的方法及技术，或对活性化合物进行结构优化

改造；运用LC-MS、UV和IR等在线技术和相应的数据信息，快速鉴定提取物中未知化合物的结构特征。采用国际通用的ActivityBase软件系统，配以条型码技术，对化合物样品库及高通量筛选产生的“海量”测试数据进行信息管理，确保筛选体系的高效运作