药物筛选部采用国际上通用的高通量和高内涵筛选技术，以自建或引进的药物筛选模型为基础，发展和完善以分子和细胞水平的高通量筛选模型为初筛，组织、器官和整体动物水平筛选模型为复筛的药物筛选体系，为全国的高校、科研院所和医药企业提供化合物生物活性测定服务及药物筛选技术平台。药物筛选部拥有包括Biomek^® FX自动化移液装置、 EnVision™多通道读板仪、 ArrayScan™和KineticScan™细胞成像系统等先进的实验设施和数据处理软件，用于高通量和高内涵药物筛选。为了实现技术集成，该部通过自主研发和合作引进的方式展开筛选方法的研究，特别是新型检测手段的应用。根据酶、受体和离子通道的不同特性，建立高效、快速、价廉、重现性好的均相检测技术，从而提高了实验数据的可靠性，强化了自动化操作并扩大了筛选通量。通过定期对各种筛选模型的先进性和实用性进行评估，使筛选业务更加规范化和标准化。送样者的利益通过实施一系列严格的规章制度如“知识产权保护原则”和“保密协议”等予以充分保护。